１．筛选。当种子中夹杂的虫瘿、活虫数量比较多时，可用过筛的方法清除其中夹杂的病虫。过筛时需根据种粒和被除物的大小、形状，选择筛孔适宜的筛子才符合要求。同时，还可以利用筛子旋转的物理作用，除去不饱满种粒以及其他杂物。
    ２．风选。带病种子或病原物的重量往往比健康种子重量轻，所以依靠风扇或自然风力就能将较轻的坏种子、病原物以及其他杂物分离出去。但用该法只能淘汰部分病种或病原物。
    ３．手选。种子量少时，可以请有经验的人员通过肉眼或用放大镜观察，将病粒、虫粒、菌核、虫瘿、瘪粒挑选出来。
    ４．水选。利用比重原理淘汰病粒、虫粒和其他杂物。常用的方法有清水选和盐水选两种。①清水选：晴天或天气干燥时，在容器内放足水，倒入种子进行搅拌，之后捞去浮在上面的轻种、杂质，最后捞出下沉的种子晾干。操作时动作要迅速，以免病原物因长时间浸水而下沉，从而影响水选效果。②盐水选：与清水选相比能较完全地分离出残余物，选种结果较精细。盐水的浓度应根据不同种子以及对处理的要求来决定。例如，对柠条和皂荚种子可用０．５％～１％的食盐水选种。用盐水处理的时间不宜过长，否则会影响处理效果和种子的发芽率。经过处理的种子，要用清水冲洗后充分晾干贮藏。
    温水处理 利用温水的热量杀死附在种子表面以及潜藏在种子内部的病菌和害虫。使用该方法时要根据不同种子所要处理的对象的不同，在杀死害虫、病菌而又不伤害种子胚芽的情况下采用恰当的水温。如对落叶松种子，先将球果放于３０℃～４０℃温水中浸泡１０分钟，然后放在５０℃～５５℃的室内干燥３～４天，待果鳞干燥后取出脱粒，可杀死其中的广肩小蜂幼虫；对刺槐种子，用８０℃～１００℃的热水烫１～３分钟，可杀死刺槐种子小蜂幼虫；对多花木兰种子，用８０℃的热水浸１～３分钟，可烫死种子内的多花木兰种子小蜂幼虫等等。温水处理过的种子要及时晾干，贮藏待用。
    药剂处理　１．药剂拌种。对有些种实害虫，可在种子堆上均匀喷洒化学药剂来将其杀死，也可用烟剂在仓库里熏蒸。
    ２．药剂浸种。常用的浸种药剂有福尔马林、高锰酸钾、硫酸铜、漂白粉、石灰水等，浸种时间和药剂浓度因种子和病原的不同而不同，需经过试验确定。例如对种实霉烂的种子先用０．５％的高锰酸钾浸１５～３０分钟，然后再浸入４０％的甲醛溶液中１５分钟，取出后堆积两小时，用清水冲洗两次，可杀死其中的病原。
    ３．药剂熏蒸。熏蒸是处理种子害虫的重要措施，主要用来防治害虫。常用的药剂有溴甲烷、磷化铝、二硫化碳和硫酰氟等。在室温下使一种或几种药剂气化，混合在空气中，达到一定浓度时就会使害虫中毒身亡。